Ejecuto este sencillo script y sin problemas
#!/bin/sh
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
Otro tema que ha habido que resolver ha sido el Flash que no iba nada bien ya que tengo puesto la versión de Ubuntu de 64bits y al pasar de la 9.04 a la 9.10 ha dejado de funcionar bien.
Solución:
1º Desinstalar la versión actual del plugin de Flashplayer (mediante Gestor de paquetes, Terminal o como sea)
2º Descargar la versión 10 de 64bits desde la web: http://labs.adobe.com/downloads/flashplayer10.html
3º Copia el fichero 'libflashplayer.so' a /usr/lib/mozilla/plugins. Debes ser root para poder hacerlo
4º Reinicia firefox.
Saludos!